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在天神的攻击下，隐隐是圣光星系第一大势力的亚特兰蒂斯，只能龟缩在自己的母星上，依靠母星上那门不可移动的歼星炮来勉强震慑住天神。
其实在天神出现之后，亚特兰蒂斯人便明白，他们的末日已经不远了，所以他们一边拖延时间，一边用搜刮而来的材料开始打造最强战舰。历时四十九年后，亚特兰蒂斯号战舰正式建造完工。
不久之后，天神就再次来到了亚特兰蒂斯星球，这次他已经找到了对付歼星炮的方法，成功将歼星炮给摧毁了。在歼星炮被毁之后，那些早就打算撤退的亚特兰蒂斯人，便乘坐亚特兰蒂斯号开始逃离圣光星系。
由于亚特兰蒂斯号的外观并不起眼，所以在一些战舰的掩护下，顺利的逃出了圣光星系。但是天神很快就得知了亚特兰蒂斯号的情报，他虽然没有亲自出手追击，却是派遣手下那名真神驾驶着他的座舰追了过去。
也不知道那位天神赐予了追击的真神何种宝物，就算亚特兰蒂斯号先出发了一段时间，却还是被他追了上来。一番追逐之战后，亚特兰蒂斯号在离太阳系不远的星空中被那名真神击沉了。
一些幸存的亚特兰蒂斯人，带着亚特兰蒂斯号的战舰核心，乘坐着战舰内部的逃生舱，从真神的眼皮底下进行空间跃迁逃了出去。
这艘逃生舱在宇宙中坚持飞行了十几年后，终于来到了地球之上，那时的地球，正处在更新世时期，各种强大的元兽统治着地球，人类才刚刚出现。
因为当时地球上的元气浓度，不足以诞生王级之上的修炼者，这些亚特兰蒂斯的遗民，凭借着逃生舱中的那些科技武器，很快就成了地球上的霸主。
但是，在一个原始星球上面，只有自己这些不到一百人的智慧种族无疑太孤单了，于是亚特兰蒂斯人开始帮助那些早期的人类加速进化。
经过漫长的时间选种、调教、培养之后，亚特兰蒂斯人终于成功的培育出了能够直立行走的智慧种族。